İstanbul'da doğdu. Kadıköy Anadolu Lisesi'nden sonra İstanbul Üniversitesi İngiliz Dili ve Edebiyatı Bölümü'nü bitirdi. İstanbul Üniversitesi Kadın Sorunları ve Araştırma Bölümü ile The Ohio State University'deki yüksek lisans derecelerinin ardından Kadıköy Kız Lisesi'nden İstanbul Bilgi Üniversitesi'ne kadar uzanan bir dilimde öğretmenlik yaptı. Yaşamındaki genç dostlarının sırrı bu süreçte yatmaktadır.

Önce öyküleriyle tanındı. Perende (1998), Columbus'un Kadınları (2000), Arkası Yarın (2001), Transit Yolcular (2002) adlı dört öykü kitabı yayımlandı. Romanları Kül ve Yel (2004) ile Cemre'nin (2006) yanısıra Yıkık Kentli Kadınlar ve Cımbızın Çektikleri (Ümran Kartal ile birlikte) adlı inceleme kitapları da basıldı. Öyküleri çeşitli dillere çevrilen Müge İplikçi yaşadığımız yeni zamanları ve günümüz insanlarını postmodern yaratım biçimleriyle ele alıyor. İnsan ilişkilerini ve o ilişkilerin parçaları olan kadınların konumunu anlatmayı seviyor. Yazdıklarının hemen tümünde kadını ve onu çevreleyen sahte halenin komikliği, sıradanlığı, buyurganlığı ve yok ediciliğini vurguluyor.

Müge İplikçi bugüne kadar iki ödül kazandı: 1996 Yaşar Nabi Nayır Gençlik ödülleri birinciliği ve 1997 Haldun Taner öykü dalı üçüncülüğü. Türkiye PEN'inin Hapisteki Yazarlar Komitesi üyeliğini (WIPC) üç yıldır sürdüren yazar 2.5 yıl boyunca aynı kurumun Türkiye Kadın Yazarlar Komitesi (IPWWC) başkanlığını da yaptı.

Açık Radyo'da iki yıl yapım ve sunumunu üstlenmiş olduğu, Ümran Kartal ile Nalan Barbarosoğlu'nun ikinci yılda dahil oldukları Sabun Köpüğü adlı program daha sonra Nazan Haydari tarafından ABD'de doktora tez konusu olarak incelendi.

Yazarın çok sayıda incelemesi, kitap tanıtım yazısı ve öyküsü Varlık, Milliyet Sanat, Eşik Cini, Adam Öykü, Picus, Hayalet Gemi, Birgün gazetesi, Radikal Kitap eki gibi dergi ve gazetelerde yayımlandı.

Müge İplikçi gazeteci-yazar Ruşen Çakır'la evli ve Ali Deniz Çakır'ın annesi.