İ.Ü. İktisat Fakültesi'nde öğretim üyesidir. Uluslararası İktisadi ve Siyasi İlişkiler ile Türkiye-Avrupa ilişkilerinde uzmanlaşmıştır. Bu konularda araştırmaları ve kitapları bulunmaktadır. Uzmanlık alanlarında ve onun dışında, uluslararası konularda ve Türkiye'nin ekonomik süreçlerine ve dış ilişkilerine ilişkin, Attilâ İlhan'la sohbetlerini içeren ve denemelerini bir araya getiren 40'ın üzerinde kitabı vardır. Manisalı'nın çoğu yurtdışındaki bilimsel ve araştırmaya dönük dergilerdeki makalelerinin yanında, gazete ve dergilerde çok sayıda makalesi yayımlanmıştır. Avrupa ülkelerinin hemen hemen tamamında, ABD, Çin, Japonya ve Mısır'da 60 dolayında konferans vermiş ve çok sayıda seminere katılmıştır. Yabancı medya kuruluşları da içinde olmak üzere çok sayıda televizyonda programa katıldı ve güncel gelişmeler üzerine kamuoyunu aydınlattı. Yurtiçinde de çok sayıda konferans ve seminer verdi. 1970'lerden itibaren birçok araştırmaya imza atan Manisalı'nın başlıca araştırmaları şunlardır:

Otomotiv Sanayisinin AET Karşısındaki Durumu, Türkiye'de Demir-Çelik Sanayisi ve AET Karşısındaki Rekabet Koşulları, İlaç Sanayisinin AET Karşısındaki Durumu, Türkiye'de Küçük ve Orta Ölçekli Sanayinin Geleceği, Güneydoğu Anadolu Projesi (GAP) ve Bölgesel İşbirliği. Economist, Newsweek, L. Expansion, L'Heb'do (İsviçre), Wall Street Journal, die Welt, F.A. Zeitung, die Presse; BBC, ITV, Deutsche Welle gibi yabancı medya kuruluşlarında da açıklamaları, değerlendirmeleri ve söyleşileri yayımlanmıştır. Bugüne kadar 10'dan fazla ödülün sahibi olan Manisalı, halen Cumhuriyet'teki köşe yazılarını ve İstanbul Üniversitesi İktisat Fakültesi'ndeki öğretim üyeliği görevini sürdürmektedir.