1966 yılında Çorlu'da doğdu. 1983 yılında Şişli Terakki Lisesi'ni bitirdi. Boğaziçi Üniversitesi'nin Turizm ve Otel Yöneticiliği, Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler ile Osmanlı Sosyal Tarihi bölümlerinden mezun oldu. Yüksek lisans tezini Yahudiler ve Osmanlı Toplum Yapısı üzerine verdi. Viyana Ekonomi Üniversitesi'nde (Wirtschafts Universitat) iki yıl doktora çalışması yaptı (1990-92).

1987 yılında Turizm bölümü öğrencisiyken profesyonel rehberliğe adım attı. Fotoğraf çalışmaları, 1990 yılından itibaren Amerika ve Avustralya başta olmak üzere, çeşitli ülkelerdeki dergi ve internet sitelerinde yayınlandı. Turizm Bakanlığı'nın açtığı yarışmalarda bazı fotoğrafları bakanlık tarafından satın alındı. Tasarımını yaptığı çeşitli ev ve bahçeler Maison Française, House Beautiful, Home Art, Elele gibi dergilerde yer aldı.

Türkiye'nin tanıtımı için çeşitli panel ve seminerlere katıldı. CNN International'ın Earth Matters isimli Türkiye ile ilgili bir programında misafir konuşmacı olarak bulundu. ABC Televizyonu'nun Good Morning America programında sunuculuk yaptı.

2005 ve 2009 yıllarında Rotary Kulübü tarafından 'Meslek Üstün Hizmet Ödülü'ne layık görüldü. Gerek meslekî, gerek şahsî ilgisinden dolayı 112 ülkeye seyahat etti. Türkiye Turist Rehberleri Birliği tarafından 2005'de 'Türkiye'nin En Çok Seyahat Eden Rehberi' seçildi. 2006 yılında ise 'Yılın Gezi Yazarı' olarak ödüllendirildi. 2007 yılında Beyaz Kristal yarışmasında 'Turizm Yazarlığı' ödülü aldı. SKAL Kulübü tarafından 'Türkiye'nin En İyi Profesyonel Rehberi' seçildi. Hürriyet gazetesinde Ayşe Arman'ın yaptığı röportajda "Dünyanın en tuhaf yerlerine giden adam" olarak tanıtıldı. Hürriyet gazetesinin Seyahat ekinde ve Voyager dergisinde devamlı yazıları çıkan Saffet Emre Tonguç'un yazdıkları ve yaptıkları yurtdışında, Conde Nast Traveler, Travel and Leisure, National Geographic ve Lonely Planet gibi yayınlarda yer aldı. Satış rekorları kıran Türkiye'de Görülmesi Gereken 101 Yer kitabının yazarlarından olan Tonguç, 'Yılın En İyi Kitabı' ödülü alan Avrupa'da Görülecek 101 Yer ile dördüncü kitabına imza attı. Mayıs 2010'da İstanbul Hakkında Her Şey ve İstanbul the Ultimate Guide adlı kitapları yayınlandı.